ศูนย์จีโนมฯ เปิดข้อมูลการถอดรหัสพันธุกรรมไวรัสโควิด พบโอไมครอน CH.1.1-CA.3.1 แนวโน้มระบาดแทนที่โอไมครอนลูกผสม XBB.1.5
ศูนย์จีโนมทางการแพทย์ รพ.รามาธิบดี โพสต์เพจเฟซบุ๊ก Center for Medical Genomics บอกข่าวดี เพียงรหัสพันธุกรรมของโควิด-19 บริเวณส่วนหนาม (spike) สามารถใช้ประเมินเบื้องต้นได้ว่าสายพันธุ์ที่อุบัติใหม่นี้จะแพร่ระบาดรุนแรง และอาจมาแทนสายพันธุ์หลักในปัจจุบันหรือไม่ โดยระบุว่า
ปัจจุบันเราสามารถสแกนโควิด-19 กลายพันธุ์ระดับลึก (Deep mutational scans) โดยอาศัยรหัสพันธุกรรมของไวรัสทั้งจีโนม เป็น อินพุต (input) เพื่อใช้พัฒนาเป็นสูตรคำนวณ เพื่อบ่งชี้ว่าโควิด-19 สายพันธุ์ที่กำลังแพร่ระบาดในพื้นที่นี้หรือประเทศนี้ มีความสามารถในการ หลบเลี่ยงภูมิคุ้มกัน (immune escape) และความสามารถในการ ติดเชื้อ (Infectivity) วัดจากการที่ส่วนหนามของไวรัสเข้าจับกับผิวเซลล์บริเวณ ACE-2 (ACE-2 binding) ดีหรือแย่กว่าสายพันธุ์อื่น
จากการที่ทั่วโลกร่วมมือกันถอดรหัสพันธุกรรมโควิด-19 ทั้งจีโนม (SARS-CoV-2 whole genome sequencing) มาตลอด 3 ปี และจัดเก็บบนฐานโควิดโลก “GISAID” จำนวนกว่า 14.8 ล้านตัวอย่าง (วันล่าสุดที่นับ-5 ก.พ. 2566) ผนวกเข้ากับข้อมูลทางคลินิกของโรคโควิด-19 ช่วยให้ผู้เชี่ยวชาญด้านชีวสารสนเทศ จากหลายสถาบันมีข้อมูลมากพอที่สร้างสูตรคำนวณเพื่อบ่งชี้
1. ความสามารถของโควิด-19 ในการ หลบเลี่ยงภูมิคุ้มกัน (immune escape)
2. ความสามารถของโควิด-19 ในการ ติดเชื้อ(Infectivity) ด้วยการเข้าจับกับตุ่ม ACE-2 (ACE-2 binding) บนผิวเซลล์ (ภาพ1)
ดร.ราช นรายานันท์ ผู้ช่วยคณบดีฝ่ายวิจัยและรองศาสตราจารย์ที่ NYITCOM มหาวิทยาลัยอาร์คันซอ โจนส์โบโร อาร์คันซอ สหรัฐอเมริกา และทีมวิจัย ได้พัฒนาอุปกรณ์ส่วนต่อประสานกับคอมพิวเตอร์ของมนุษย์ (HCI) โดยใช้แบบจำลองโปรตีน 3 มิติ เพื่อสร้างกลุ่มข้อมูลเชิงโครงสร้างที่เกี่ยวข้อง ตามหน้าที่สามารถสื่อสารตอบโต้กับผู้ใช้ เพื่อเร่งกระบวนการค้นพบสารประกอบ
รวมถึงการศึกษาเกี่ยวกับการใช้ยาเก่า เพื่อรักษาโรคติดเชื้อไวรัสอุบัติใหม่ อันรวมถึงไวรัสก่อโรคร้ายแรง เช่นโรคทางเดินหายใจเฉียบพลันรุนแรง (SARS) ที่ระบาดในช่วงต้นทศวรรษ 2000
ล่าสุดทีมวิจัยของ ดร. ราชนรายานันท์ ได้สร้างโปรแกรมคำนวณความสามารถของโควิด-19 ในการหลบเลี่ยงภูมิคุ้มกัน บนแกนตั้ง (Y) และความสามารถของโควิด-19 ในการติดเชื้อ ด้วยการเข้าจับกับตุ่ม ACE-2 (ACE-2 binding) บนผิวเซลล์ บนแกนนอน (X) เพื่อให้ผู้สนใจเข้าไปสืบค้นได้ที่ https://public.tableau.com/…/ConvergentLinea…/Dashboard2 (ภาพ2)
ทั้งนี้ จะช่วยให้เราประเมินเบื้องต้นได้ว่า สายพันธุ์ที่อุบัติใหม่นี้ จะแพร่ระบาดรุนแรง และอาจมาแทนสายพันธุ์เดิมหรือไม่
ตัวอย่างเช่น โอไมครอน CH.1.1 และ CA.3.1 จากการคำนวณโดยอาศัยรหัสพันธุกรรมบริเวณส่วนหนาม บ่งชี้ว่าความสามารถของโควิด-19 ในการหลบเลี่ยงภูมิคุ้มกัน VS การติดเชื้อ ทั่วโลกควรเฝ้าติดตามโอไมครอน CH.1.1 และ CA.3.1 ซึ่งมีแนวโน้มที่ระบาดมาแทนที่โอไมครอนลูกผสม XBB.1.5 ที่ระบาดไปทั่วโลก และเป็นสายพันธุ์หลักที่ระบาดในสหรัฐ โดยมีส่วนแบ่งการระบาดถึง 66.4% ขณะนี้ (ภาพ2)
สำหรับประเทศไทยมี 3 สายพันธุ์หลักที่กำลังแพร่ระบาดในขณะนี้คือ โอไมครอน BN.1.3, BN.1.2 (ซึ่งมีต้นตระกูลเป็นโอไมครอน BA.2.75) และ BQ.1.1 (ต้นตระกูลเป็นโอไมครอน BA.4/BA.5)
โดยโอไมครอน BN.1.3 มี infectivity หรือการติดเชื้อสูงกว่า BQ.1.1 ในขณะที่โอไมครอน BQ.1.1 หลบเลี่ยงภูมิคุ้มกันได้ดีกว่า BN.1.3 และ BN.1.2 (ภาพ4)
ส่วนโอไมครอน CH.1.1 พบ 75 ราย โดยมีส่วนแบ่งการระบาดในประเทศไทย 5% ส่วนโอไมครอน BQ.1.1 พบเพียง 9 ราย และยังไม่พบ โอไมครอน CA.3.1 และโอไมครอนลูกผสม XBB.1.5 ในประเทศไทย
อ่านข่าวเพิ่มเติม
- ‘หมอยง’ ฟันธง โควิด-19 ‘End Game’ เข้าสู่โรคประจำฤดูกาล ไม่ย้อนไปปิดบ้านปิดเมืองอีกแล้ว
- ศูนย์จีโนมฯ เฉลย ทำไม? WHO ยังจัดให้ ‘โควิด’ เป็นภาวะฉุกเฉินด้านสาธารณสุข ต่อไปในปี 66
- ‘โอไมครอน CH.1.1’ สายพันธุ์น่ากังวล หลบภูมิจากวัคซีน mRAN 3 เข็ม ก่อให้เกิดอาการอักเสบรุนแรง