การจัดเก็บรายได้จากการประกอบกิจการสำรวจ และผลิตปิโตรเลียมของประเทศ ที่จัดเก็บและนำส่งกระทรวงการคลัง โดยกรมเชื้อเพลิงธรรมชาติ กระทรวงพลังงาน ในฐานะหน่วยงานหลัก ที่ทำหน้าที่กำกับดูแลการประกอบกิจการปิโตรเลียมของประเทศ ประกอบด้วย ค่าภาคหลวงปิโตรเลียม ผลประโยชน์ตอบแทนพิเศษ รวมทั้งค่าตอบแทนการต่อระยะเวลาผลิต และรายได้จากองค์กรร่วมไทย-มาเลเซีย ซึ่งประกอบด้วย ค่าภาคหลวง และปิโตรเลียมส่วนที่เป็นกำไร
นอกจากนี้ การประกอบกิจการปิโตรเลียมของผู้ประกอบการ ยังต้องเสียภาษีเงินได้ปิโตรเลียมให้แก่รัฐ ตามอัตราที่กำหนดไว้ในพระราชบัญญัติภาษีเงินได้ซึ่งจัดเก็บโดยกรมสรรพากร กระทรวงการคลัง
รายได้จากการค่าภาคหลวงปิโตรเลียม ผลประโยชน์ตอบแทนพิเศษ ส่วนแบ่งกำไร และภาษีเงินได้ปิโตรเลียมที่มีการจัดเก็บจากผู้ประกอบการฯ ในแต่ละปีนั้น จะมีจำนวนมากน้อยเพียงใดจะขึ้นอยู่กับปริมาณ การขายปิโตรเลียม และราคาน้ำมันดิบในตลาดโลก ซึ่งหากปริมาณการผลิตเพิ่มขึ้นและราคาน้ำมันดิบในตลาดโลกปรับตัวสูงขึ้น รายได้ของการจัดเก็บก็จะสูงขึ้นตามด้วยเช่นกัน
สำหรับประเด็นเรื่องภาษีเงินได้ปิโตรเลียม ตัวอย่างที่เห็นได้อย่างชัดเจนก็คือสถานการณ์เมื่อช่วงปี 2557 ถึงปี 2559 ที่ราคาน้ำมันดิบในตลาดโลกมีการปรับตัวลดลงอย่างมากตั้งแต่ช่วงเดือนกรกฎาคม ปี 2557 จากราคาที่สูงถึง 100 fดอลลาร์ต่อบาร์เรล ได้ไต่ระดับลงต่ำสุดอยู่ที่ประมาณ 26 ดอลลาร์ต่อบาร์เรล ในเดือนมกราคม 2559 ซึ่งปัจจัยดังกล่าวส่งผลให้การจัดเก็บรายได้ในส่วนของภาษีเงินได้ปิโตรเลียมในช่วงนี้ลดลงตามมาด้วย ในขณะที่รัฐยังคงจัดเก็บภาษีเงินได้ปิโตรเลียมจากผู้ประกอบกิจการปิโตรเลียมตามที่ พ.ร.บ.ภาษีเงินได้ปิโตรเลียมกำหนดในอัตราคงที่ 50% ของกำไรสุทธิเช่นเดิม
ทั้งนี้ การจัดเก็บรายได้จากการประกอบกิจการปิโตรเลียมนั้น จะไม่ครอบคลุมในส่วนของภาษีน้ำมันสำเร็จรูป ที่เป็นไปตามนโยบายการจัดเก็บภาษีน้ำมันสำเร็จรูปตามโครงสร้างราคาน้ำมันตามที่รัฐกำหนด ซึ่งภาษีในส่วนนี้ทางกระทรวงพลังงานและกระทรวงการคลัง ได้มีการบูรณาการร่วมกันในการกำหนดอัตราภาษีสรรพสามิตและอัตรากองทุนน้ำมันเชื้อเพลิงที่เหมาะสม เพื่อให้ราคาขายปลีกน้ำมันเหมาะสมไม่มีความผันผวนส่งผลต่อค่าครองชีพของประชาชน
